Die Franziskaner, ein Reformzweig der Minoriten, verdanken ihren Ursprung in Wien dem Wirken des hl. Johannes Kapistran, der 1451 auf dem Stephansfriedhof seine berühmten Predigten gehalten hat. Das von ihm gegründete Ordenshaus zu St. Theobald "ob der Laimgrube" (htg. 6. Bezirk) wurde im Krieg gegen die Türken 1529 zerstört. Nach einigen Notunterkünften überließ die Stadtgemeinde Wien 1589 das 1383 - 1387 erbaute, leerstehende Büßerinnenkloster "Zu s. Hieronymus" den Franzskanern.

Dieses "Seelenhaus" hatte bereits eine lange Geschichte. Es wurde 1306 von wohlhabenden Bürgern für Dirnen, die wieder den rechten Weg finden wollten, gestiftet und eine Kapelle errichtet, die dann von einer Kirche abgelöst wurde. Während der Reformation verfielen die Sitten der Büßerinnen, sie führten samt ihrer Meisterin Juliana Kleeberger, die 1553 das Zeitliche segnete, ein wenig frommes Leben.

Als die Franziskaner das Gebäude übernahmen, kam es zum Neubau der Kirche, wobei Teile der alten verwendet wurden. Wiens einziger Sakralbau im Renaissancestil wird jedoch vielfach durch gotische Elemente geziert. Die Kirche wurde 1607, das Kloster erst 1630 vollendet.

Der Giebel ragt hoch über die schmale Fassade hinaus. Am First befindet sich als Bekrönung die "Dreifaltigkeit" mit einem Kopf, der drei Gesichter hat - eine Darstellung, die später von der Kirche verboten wurde. Am obersten Gesims bemerkt man eine geteilte Verkündigung, wie sie in der Gothik üblich war; am Giebelgrund die Statue der hl. Klara von Assisi, der Begründerin des weiblichen Zweigs der Franzsikaner, sowie jene des hl. Ludwig von Frankreich, der seltsamerweise die Stephanskrone trägt.

Im Innenraum der Kirche ist besonders die Wökherlorgel zu beachten, die hinter dem Hochaltar im Betchor liegt. Sie stammt aus dem Jahr 1642 und ist damit die älteste noch bespielbare Orgel Wiens. Den Hochaltar schuf 1707 Andrea Pozzo, der Meister der Scheinarchitektur. Während der vorderte Teil tatsächlich bildhauerisch gestaltet wurde, sind Säulen, Architektur, Wolken und Kuppel auf Leinwand gemalt.

Die Gnadenstatue aus dem 15. Jhdt. soll aus Grünberg bei Böhmen stammen. Die dortigen protestantischen Herren versuchten, die Statue zu vernichten. Man wollte sie verbrennen, doch sie widerstand dem Feuer. Dann sollte die Axt das Kunstwerk zerstören, auch das klappte nicht. So beließ man das Beil in Marias linker Schulter und die Statue wird seitdem als "Madonna mit der Axt" verehrt.