Die Babenberger hatten ihre Residenz am Platz "Am Hof". Die Habsburger übersiedelten um 1280 in den Schweizertrakt der damals noch viel kleineren Hofburg. Sie überließen die "Babenbergerpfalz" (Am Hof) der landesfürstlichen Münze, welche wiederum abgesiedelt wurde, als Herzog Albrecht III. 1386 hier die Karmeliter unterbrachte. Die begannen sofort anstelle der romanischen Münzhofkapelle eine dreischiffige gotische Hallenkirche zu bauen, die sie 1403 fertigstellten. Der gotische Chor ist heute noch von der dahinterliegenden Gasse zu sehen.

Während der Reformation verfiel die Kirche. König Ferdinand I. übergab das Gotteshaus 1554 dem kämpferischen Jesuitenorden, der drei Jahre vorher nach Wien geholt worden war. ("Alte Jesuitenkirche")

1607 brannte die Kirche ab. Bei der Renovierung wurde dem gotischen Gebäude ein barocker Umhang übergestülpt. 1662 wurde im Auftrag der Witwe Kaiser Ferdinands III. die monumentale Westfassade errichtet, die mit ihrer vorgezogenen Eingangshalle, den Seitenflügeln und der breit gespannten Altane (Loggia) in dem Gebäude eher einen Palast als eine Kirche vermuten lassen.

1773 wurde der Jesuitenorden aufgehoben. Die Kirche wurde Garnisonskirche. Ins Kloster (Am Hof, Nr. 2) zog die Hofkriegskanzlei ein.

Zum Namen der Kirche: Durch Gregor den Großen fand die Lehre von den "9 Chören der Engel" und ihre Einteilung in drei Hierarchien weite Verbreitung (Engel, Erzengel, Fürstentümer - Mächte, Kräfte, Herrschaften - Throne, Cherubim, Seraphim). Das Altarbild "Maria und die neun Chöre der Engel" zeigt einen Engel, welcher der Gottesmutter den österreichischen Erzherzogshut reicht. (Dieser Hut wurde von Erzherzog Maximilian III. 1616 gestiftet und wird im Stift Korneuburg verwahrt, wo er bei Strafe der Exkommunikation nicht länger als 30 Tage entfernt werden durfte.)

Die Loggia war einigemale Schauplatz wichtiger Ereignisse in der Geschichte der Stadt Wien und Österreich. Papst Pius VI. war ins Land gekommen, um Kaiser Joseph II. zu bewegen, seine Kirchenreformen zu revisionieren, wobei dem Papst besonders die Klosteraufhebungen ein Dorn im Auge waren. Der Kaiser war an der Meinung des Kirchenoberhauptes nicht interessiert. So erteilte der Papst am Ostersonntag des Jahres 1782 den Segen "Urbi et Orbi" von der Altane der Kirche Am Hof den unzähligen Menschen, die sich auf dem Platz eingefunden hatten, und kehrte unverrichteter Dinge in seine Heimat zurück.

Am 6. August 1806 verkündete von der Loggia ein kaiserlicher Herold, "daß Wir das Band, welches Uns bis itzt an den Staatskörper des deutschen Reichs gebunden hat, als gelöst ansehen". Das bedeutete das Ende des Heiligen Römischen Reiches, an dessen Spitze die Habsburger über ein halbes Jahrtausend gestanden hatten.

Papst Johannes II. tat es seinem Vorgänger nach und spendete anläßlich seines Wien-Besuches 1983 ebenfalls von der Loggia aus den Ostersegen.

Leider war die Kirche verschlossen und auch nichts angeschrieben, wann sie geöffnet ist.