1618 wurde die Kirche und Gruft von der Kaiserin Anna, der Gemahlin des Kaisers Matthias, gestiftet und sofort bestimmt, daß fortan die Gruft die Begräbnisstätte der Habsburger sein soll.

Die Kapuziner, als Zweig der franziskanischen Ordensfamilie gestiftet, galten als die "Proletarier" unter den geistlichen Abkömmlingen des hl. Franziskus v. Assisi. Der Kapuzinermönch Laurentius von Brindisi machte sich 1599 mit 12 Gefährten auf, um nach Prag zu pilgern. Doch in Böhmen bracht die Pest aus, deshalb machte er in Wien Station. Matthis gelang es, sechs der Brüder dazu zu bringen, in Wien zu bleiben, wo sie zuerst in der Vorstadt St. Ulrich "Am Platzl" einquartiert wurden, bald schon aber damit betraut wurden, die Grablege der Habsburger zu verwalten.

Die Grundsteinlegung erfolgte erst 1622 unter Matthias Nachfolger Ferdinand II. 1632 war der Bau vollendet.

Da die Gruft, die berühmteste Grablege Europas, weit interessanter ist als die Kirche, wird über letztere auch nicht viel berichtet. Die Fassade erhielt 1760 einen Portalvorbau, durch den man die schlichte, einschiffige Saalkirche mit ihrem Tonnengewölbe betritt. Durch die Anfügung je einer Kapelle links und rechts entstand eine kreuzförmige Anlage, die für die Baugewohnheiten der Kapuziner typisch ist.

In den Jahren 1933 - 1936 wurde die Fassade nach alten Ansichten rekonstruiert.


Die Gruft

Die bis ins 20. Jhdt. nach und nach erweiterte Begräbnisstätte umfaßt neun Grufträume. Über 350 Jahre wurden hier alle regierenden Herrscher und ihre nächsten Verwandten bestattet. Insgesamt findet man auf engstem Raum die Särge von 146 Mitgliedern des Erzhauses (darunter 12 Kaiser und 17 Kaiserinnen) sowie eine Außenseiterin, die Gräfin Fuchs. Diese war die Aja (= Kinderfrau) der beiden Erzherzoginnen Maria Theresiea und Maria Anna, später dann die Oberhofmeisterin Maria Theresias. Ihre Herzurne befindet sich jedoch in der Mollard-Gruft in der Michaelerkirche.

Eine weitere Ausnahme stellt Erzherzogin Henriette von Nassau-Weilburg aufgrund ihres Glaubens dar: die einzige Protestantin unter lauter Katholiken (denn andere protestantische Prinzessinnen pflegten vor der Eheschließung mit einem Habsburger zu konvertieren). Henriette, von der auch der ursprünglich protestantische Brauch des Weihnachtsbaumes in Österreich eingeführt wurde, blieb Protestantin. Als sie 1829 jung starb, weigerten sich die Kapuziner, sie in der Gruft aufzunehmen. Da sprach Kaiser Franz II. ein Machtwort: "Sie hat als Lebende unter uns geweilt, sie soll es auch als Tote." Das Herz im Herzgrüftl in der Augustinerkirche und die Eingeweide in den Katakomben in St. Stephan unterzubringen, scheiterte jedoch am Veto des päpstlichen Nuntius. Die beiden Urnen stehen daher neben ihrem Sarg.

Der prächtigste unter all den Särgen ist zweifellos der Doppelsarkopharg Maria Theresias und ihres Gatten, der von Balthasar Moll bereits 1752 - ein gutes Dutzend Jahre vor dem Tod des Kaisers und fast 30 Jahre vor dem seiner Witwe, angefertigt wurde.

Nach einem alten Ritual wird der Sag mit dem toten Herrscher zur Kapuzinerkirche gebracht, wo der Leichenzug vor verschlossener Türe anhält. Nun tritt ein Herold vor und klopft an das Tor, um die Aufnahme in die Gruft zu erwirken. "Wer begehrt Einlaß?" tönt es von drinnen. - "Der Kaiser", ist die Antwort des Herolds. Doch das Tor bleibt zu. Der Herold pocht ein zweitesmal. Wieder dieselbe Frage. "Der König", antwortet der Herold. Aber das Tor bleibt immer noch verschlossen. Ein drittes Klopfen, zum drittemal die Frage. Diesmal antwortet der Herold demütig: "Ein armer Sünder." Nun öffnet sich das Tor und der Herrscher bzw. der arme Sünder wird in den Kreis seiner Ahnen zur letzten Ruhe aufgenommen.

Dieses Ritual ging durch alle Medien, als im Frühjahr 1990 die sterbliche Hülle der letzten Kaiserin von Österreich-Ungarn, der Kaiserin Zita (Witwe Kaiser Karls I.) ihren Einzug nach alter Tradition in die Familiengruft hielt.