In Wien gab es vom 13. Jhdt. bis 1783 drei Pfarren: St. Stephan, das Schottenkloster und St. Michael. Die vom hl. Michael abgeleitete Bezeichnung "Michaeler" meint eigentlich den katholischen Orden der Barnabiten, der 1626 - 1923 an diesem einzigen spätromanisch-frühgotischen Sakralbau Wiens wirkte.

Um 1100 wurde mit dem Bau einer dreischiffigen Querschiffbasilika außerhalb des babenbergischen Wiens begonnen. Sie hatte die gleiche Größe wie die jetzige Kirche. Die Stiftung des heutigen Gotteshauses datiert um das Jahr 1221, etwa 25 Jahre nach der Stadterweiterung, und schritt gleichzeitig mit dem romanischen Ausbau der Stephanskirche voran, die um 1137 begonnen wurde.

Im Längsschiff der Kirche kann man den Wandel der Zeit an den sich von Ost nach West verändernden Kapitellformen (Kapitell = oberer Abschluß einer Säule) gut beobachten: Zuerst sehen wir spätromanische, mit schlinggewächsartigen Ranken besetzte Kapitelle (um 1220), denen Kelchknollenkapitelle (um 1230) und Blätterkapitelle (um 1240) folgen.

Im 2. Viertel des 13. Jhdts. wurde die Kirche umgestaltet: An die Stelle des spätromanischen Chorschlusses setzte man einen dreijochigen Chor mit seitlichen Nebenchören. Im 3. Viertel des 13. Jhdts. folgte das Langhaus, das sich in dieser Form bis heute erhalten hat, und nach dem Stadtbrand 1276 das Mittelschiffgewölbe. Die drei romanischen Apsiden (Apsis = Altarnische) wurden zwischen 1350 und 1437 durch gotische Chöre ersetzt. 1480 wurden hohe gotische Fenster in die Westfassade gebrochen. Der Friedhof um die Kirche wurde unter Maximilian I. 1510 planiert. Die Grabplatten, die im Boden der Kirche eingelassen sind, stammen jedoch aus der Zeit zwischen dem 14. und 17. Jhdt.

Das Gotteshaus wurde immer wieder durch Brände und Erdbeben beschädigt. Eines brachte die Turmkrone mit dem alten Steinhelm zum Einsturz, worauf man dem Turm 1591 - 1595 die heute noch bestehenden obersten Geschoße mit dem Spitzturm verpaßte. Während der Haupt- und Nordchor um 1780 barockisiert wurden, hat sich im südlichen Nebenchor, der sog. Nikolaus-Kapelle (um 1350), das mittelalterliche Erscheinungsbild unverändert erhalten.

Am Triumphbogen zwischen Querschiff und Chorraum wurden Wandgemälde aus der Mitte des 14. Jhdts. freigelegt, die "Das Weltgericht mit Christus und den Aposteln" darstellen.

Die Michaelerkirche präsentiert sich heute mit ihrer Front zum Michaelerplatz hin mit einer klassizistischen Westfassade (1792) und einem barocken Portalvorbau (1724/25) von Antonio Beduzzi, mit seinen toskanischen Säulen und der dynamischen Giebelgruppe aus Sandstein, die den "Engelsturz" darstellt und von Lorenzo Mattielli geschaffen wurde.

Rechts neben dem Vorbau steht eine historische Glocke, die 1525 vom Wiener Glockengießer Raczko hergestellt wurde und nach dem Erdbeben im Jahr 1590 aus der kaputten Turmkrone geborgen wurde.

Der Gesamteindruck des Innenraumes wird vom Gegensatz zwischen den bereits spitzbogig zulaufenden spätromanischen Arkaden im Mittelschiff und dem barocken Hochaltar sowie dem aufwändigen Figurenschmuck bestimmt. Trotz der gegensätzlichen Stilepochen fügt sich der Hochaltar in den mittelalterlichen Bau ein. Auf seinem Tisch befindet sich seit 1673 eine wundertätige Marienikone aus Kreta.

Unter der ehemaligen Hofpfarrkirche des Kaiserhauses befindet sich eine zwischen dem 16. und 17. Jhdt. entstandene Gruft, in der all jene Adeligen bestattet sind, die über den Tod hinaus ihrem Herrscherhaus - wenn auch nur örtlich gesehen - nahe sein wollten. Außerdem gibt es noch Massengrüfte für das einfache Volk. Bis zu ihrer Schließung 1783 wurden hier ca. 4.000 Menschen bestattet. Die Gruft sowie ein vor kurzem freigelegtes romanisches Seitenportal können nur im Rahmen einer Führung besichtigt werden.