Geht man vom Graben durch die Jungferngasse, gelangt man auf den Petersplatz. Wieder einmal haben wir eine jener Kirchen Wiens vor uns, deren Chronik weit zurückreicht. Ihre Frühgeschichte liegt im Dunkel. Lange Zeit glaubte man, sie wäre von Karl dem Großen um das Jahr 800 gegründet worden, was jedoch eine Legende ist, auf die sich auch das große Relief an der Außenseite des Chros bezieht. Der Name der Kirche legt eine Beziehung zu Salzburg nahe, verweist somit - wie bei der Ruprechtskirche - in vor-babenbergische Zeit, in die Mitte des 11. Jhdts., bevor das Bistum Passau die Kirchenherrschaft übernommen hatte.

Die erste Peterskirche soll durch den Umbau einer Kaserne des römischen Legionslagers entstanden sein, und so will sich auch die für eine Kirche ungewöhnliche Sord-Süd-Ausrichtung erklären. Allerdings befand sich damals der Eingang an der Nordseite und die Apsis mit dem Hochaltar an der Stelle des heutigen Portals.

Unter Herzog Heinrich Jasomirgott II. (1114 - 1177), der irische Mönche (Irland hieß im Mittelalter "Scotia minoris", deshalb fälschlich Schotten) nach Wien holte, wurde die Peterskirche eine Filialkirche der Schottenabtei, verlor dadurch an Bedeutung und verfiel langsam.

Die mittelalterliche zweite Peterskirche entstand durch einen romanischen Umbau der ersten, welcher später gotisiert wurde. Zwischen 1399 und 1421 erfolgte der Anbau der gotischen Valentinskapelle, wodurch die Kirche scheinbar nach Osten ausgerichtet wurde.

Wolfgang Lazius ließ die Kirche 1555 - 1557 auf eigene Kosten renovieren und wurde dafür zum "Kirchenmeister von St. Peter auf Lebenszeit" ernannt.

1643 erfolgte abermals eine Renovierung, welche durch die Gräfin Franziska Pallfy finanziert wurde. Wenige Jahre später, 1661, fiel der Bau einem Brand zum Opfer und wurde danach nur notdürftig wiederhergestellt.

1667 wurde die Dreifaltigkeitsbruderschaft gegründet, welcher das Kaiserhaus, Mitglieder des Hochadels und angesehene Bürger der Stadt angehörten. Es war die bedeutendste religiöse Laiengemeinschaft dieser Zeit, die auf Anweisung Kaiser Leopold I. von der Schottenabtei in die Peterskirche übersiedelte, wo das gotische Kultbild "Gnadenstuhl", das noch heute im Mittelpunkt des Hochaltars steht, eingesetzt wurde.

1679 wütete die Pest in Wien, was wieder einmal einen Kaiser, Leopold I., dazu brachte, einen Kirchen-Neubau zu geloben, wenn die Seuche abklingen würde. Sie tat es und er veranlaßte den Bau der dritten - und vorerst letzten - Peterskirche, der durch die Dreifaltigkeitsbruderschaft, zu der der Kaiser ja auch gehörte, finanziert wurde. Deshalb steht auch über dem Hauptportal: "QVAECVMQVE VOVI REDDAM PRO SALVTE DOMINO" (Was immer ich gelobt habe, will ich dem Herrn für die Rettung erfüllen.)

Ursprünglich wurde das Projekt von Gabriel Montani geplant, der aber dem Erzherzog Karl als Festungsarchitekt nach Spanien folgte. Als sein Nachfolger veränderte Lukas von Hildebrandt einiges und führte den Bau aus.

Die Grundsteinlegung 1702 stand unter keinem guten Stern. Die Baugrube war nicht ausreichend abgesichert. Dadurch stürzte ein Teil des Gefolges des Kaisers ab und wurde schwer verletzt.

1707 waren der Rohbau und die Kuppel vollendet. 1722 wurde auf Kosten Karls VI. die Kupferkuppel geschaffen. 1733 weihte man die Kirche der Allerheiligsten Dreifaltigkeit und dem hlg. Petrus.

Die allegorischen Bleifiguren über dem Portal (Glaube, Hoffnung, Liebe) stammen von Franz Kohl, einem Donner-Schüler.