Heinrich II. Jasomirgott lernte als Herzog von Bayern in Regensburg die Benediktiner des Klosters St. Jakob kennen und berief die irischen Mönche nach seiner Rückkehr nach Österreich nach Wien.
Irland nannte man im Mittelalter "scotia minore", wovon sich der Namen Schotten-Kirche und -Tor ableitete. Er stellte den Mönchen ein Grundstück für den Klosterbau außerhalb der Stadtmauern zur Verfügung. Die Klostergründung erfolgte vermutlich 1156, in jenem Jahr, als Österreich zum Herzogtum erhoben wurde.

Bei der um 1200 St. Georg, dem ersten Benediktiner, geweihten Kirche handelt es sich um eine dreischiffige romansichen Pfeilerbasilika mit einem wenig vortretenden Querschiff und einer Apsis. Um 1418 lösten Benediktiner aus Melk jene aus Regensburg, deren Zahl auf ganze sechs Stück geschrumpft war, ab. Die irischen Mönche bereuten bald ihre Entscheidung und wollten wieder zurückkehren, doch ihr Verzicht auf das Kloser war nicht mehr rückgängig zu machen.

Beim Erdbeben von 1443 wurde die Kirche schwer beschädigt. Drei Jahre später begann man mit ihrer Renovierung und dem Neubau dees Chors, was 1449 abgeschlossen war, aber aus Geldmangel nicht solide genug ausgeführt wurde. Es dauerte zwar eine ganze Weile, doch am 21. Mai 1634 fielen in Anwesenheit von Kaiser Franz Ferdinand II. Steine vom Dach, was unter den Anwesenden eine Panik auslöste. Im Jahr darauf traf ein Blitz den Vierungsturm und setzte ihn in Brand. Nach abgeschlossenem Wiederaufbau stürzte der Turm 1637 bei völliger Windstille in sich zusammen.

Diese Serie von Unglücksfällen war der Auftakt zur barocken Neugestaltung unter Carlo Antonio Carlone und Marco Spazzio (1638 - 1641). Gleich danach wurde unter Andrea d'Allio Vater & Sohn das Langhaus und die Westfassade umgebaut. Die Türme wurden 1692 - 1694 und 1732 erneuert, 1893 bekamen sie ihre Turmhelme aufgesetzt, womit die Kirche, wie wir sie heute sehen, fertiggestellt war.

Über dem Eingang finden wir eine Marienfigur von Tobias Kracker, in der Seitenfassade die Ballustradenfiguren Glaube, Hoffnung und Liebe, sowie einen kreuztragenden Engel auf der Spitze des Giebels des Mittelrisalits. Am Querschiff ist das Denkmal des Heinrich II. Jasomirgott angebracht.

Die Kirche ist ein großzügig entworfener barocker Saalbau mit dreijochigem Langhaus, Tonnengewölbe und Kapellen mit darüberliegenden Emporen. 1883 - 1889 wurden Dekoration und Ausstattung von Heinrich Ferstl verändert, auch den inzwischen vom Holzwurm befallenen Hochaltar gestaltete er neu mit Innsbrucker Glasmosaik. Die Deckengemälde stammen von Julius Schmid.

In der Kirche links über dem Tabernakel des Marienaltars befand sich ursprünglich die älteste marianische Gnadenstatue Wiens (um 1250). Zu ihr betete Kaiser Ferdinand III. 1645, als sich die Schweden Wien näherten, und gelobte, zum Dank für die Abwehr der Schwedengefahr eine steinerne Mariensäule zu errichten, die nun Am Hof zu finden ist. Der Hilfe der alten Marienstatue schrieb man es auch zu, daß 1683 der Brand im Schottenkloster gelöscht werden konnte. Die Statue wurde im Zuge der Renovierung 1994 in die Romanische Kapelle verlegt (Eingang auf der Freyung).

Bei Bauarbeiten für das Schubladenkastenhaus entdeckte man die Gruft der Kirchengründer Heinrich II. Jasomirgott, seiner Gattin Theodora und ihrer Tochter Agnes; Maria Theresia veranlaßte ihre Neubestattung. Hier wurde auch der Barockmaler Paul Troger (1698 - 1762) bestattet.
1959/60 wurde die Krypta mit einem monumentalen Sarkophargaltar aus Salzburger Marmor ausgestattet.

Seit die Kirche 1994 aufwendig restauriert wurde, wird dem Besucher meist durch ein Gitter der Zutritt verwehrt, was schade ist, da man sich zB vom Glasmosaik des Altars überhaupt keinen Eindruck machen kann. Einen kurzen Stehbesuch, speziell am frühen Nachmittag wegen des hübschen Lichteinfalls, ist sie allemal wert.

   


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